小学四年生の杉野諒一（田中達也）は1年前、母の生まれ故郷である九州最後の炭鉱の島・池島に来たが、嵐の夜から母は行方不明になっていた。父も単身赴任中で、諒一は1人で暮らしながら、半年もの間、母が戻るのを待っていた。ある日、諒一はランドセルの中から小さな石炭を見つける。3000グラムの石炭を、“諒一の分”と言っていた母の言葉を思い出した諒一は、これが母からのメッセージだと確信する。母は帰ってきていると言う諒一に、友人の志津己（田島竜斗）・燐太（高木翔慶）・知子（山川沙弥）は、立入禁止区域にいるかもしれないと告げる。立入禁止区域には大きな試練が待っていることを知らない少年たちの、ひと夏の冒険が始まる……。