アルフォート星団帝国から銀河鉄道を守った激戦から1年。今また、銀河鉄道に新たな驚異が迫ろうとしていた。銀河鉄道のレール上に現れる謎の幻覚事件が多発。宇宙空間に突如現れる、存在するはずのない街やジャングルそして、美しい海…。原因不明の事態にダイヤは乱れ、銀河鉄道管理局はかつてないパニックに陥る。