第二次世界大戦下のドイツ。心優しい10歳の少年ジョジョ（ローマン・グリフィン・デイビス）は、青少年集団ヒトラーユーゲントで立派な兵士になるため、日々奮闘していた。そんなジョジョを助ける友だちが、空想上のアドルフ・ヒトラーこと“アドルフ”（タイカ・ワイティティ）だった。しかし、訓練でウサギを殺すことができなかったジョジョは、教官のクレツェンドルフ大尉（サム・ロックウェル）から“ジョジョ・ラビット”という不名誉なあだ名をつけられ、仲間たちからもからかわれる羽目に。そんなある日、ジョジョは母ロージー（スカーレット・ヨハンソン）と2人で暮らす家の片隅に、小さな部屋が隠されていることに気づく。そこでこっそり匿われていたのは、ユダヤ人の少女だった。ジョジョの頼りになるのは、ちょっぴり皮肉屋で口うるさいアドルフだけ。臆病なジョジョの生活は一体どうなるのか……！？