20ＸＸ年。突如、世界各地で一斉に怪獣たちが暴れ始めた。地球防衛軍及び新人類ミュータント兵士、通称・Ｍ機関は迎撃を開始するが、事態を収めたのは、地球に飛来したＸ星人と名乗る異星人であった。友好的な彼らに、歓迎ムードの地球人。しかし、Ｘ星人の真の目的は地球の支配、人類の家畜化だった。それをいち早く見破ったＭ機関兵士の尾崎と、分子生物学者・音無美雪、彼女の姉でテレビ・キャスターの杏奈は、Ｘ星人の計画を阻止すべく立ち上がる。