CIAやKGBをはじめとする各国の元エリート諜報部員が結成した無国籍スパイ組織“シンジケート”の暗躍により、イーサン・ハント(トム・クルーズ)の所属するIMFはまたしても解体の危機に陥る。情報が交錯し、世界の危機が迫り来るなか、イーサンと彼のチームは、史上最強の敵を潰すべく、究極の諜報バトルを繰り広げる……。