スパルタの王メネラオス（ブレンダン・グリーソン）とトロイの王子ヘクトル（エリック・バナ）は、長年にわたる両国の戦いの終結を祝って宴を開いていた。しかしそんな中、ヘクトルの弟パリス（オーランド・ブルーム）と、メネラオスの妻ヘレン（ダイアン・クルーガー）が、許されぬ恋に落ちてしまった。侮辱を受けたメネラオスは、ヘレンの奪回を決意。彼の兄アガメムノン（ブライアン・コックス）は、4万ものギリシャ軍をトロイへと進軍させる。トロイのプリアモス王（ピーター・オトゥール）は苦悩の末、ギリシャ軍との全面戦争を選択。難攻不落のトロイへの攻撃の鍵を握るのは、ギリシャ軍最強の戦士と呼ばれるアキレス（ブラッド・ピット）だ。自分自身のためのみ戦う彼は、預言者である母テティス（ジュリー・クリスティー）から死の予言を受けつつも、トロイへと赴く。