ケビン（マコーレー・カルキン）の家では、伯父さんの転勤にともない、パパ（ジョン・ハード）にママ（キャサリン・オハラ）、姉2人兄2人と一緒に、パリに招待されて大忙し。いとこたちも含めて総勢15人と、大騒ぎだ。出発の朝、慌ただしく家をあとにした一家は、飛行機の中でケビンを1人家に置き忘れて来たことに気付いた。大慌ての両親はすぐに家に引き返そうとしたが、あいにくクリスマス休暇で飛行機は満席、ママたちはやきもきするばかり。そのころ1人残されたケビンは、誰もいない家で思いっきり自由を満喫していた。1人でスーパーに出掛けた時、前科のある殺人鬼だという噂の、隣に住むマーリー老人（ロバーツ・ブラッサム）に会う。びっくりして逃げ出すケビンの前に、ハリー（ジョー・ペシ）とマーブ（ダニエル・スターン）という怪しい男の影が。彼らは、留守中のケビンの家をねらう強盗だったのだ。気配に気付いたケビンは、ギャング映画のせりふをビデオで流し、彼らを追っ払う。そのあと教会に出掛けたケビンは、またマーリー老人に会い驚くが、実は彼は殺人鬼ではなく、心の優しい老人であることを知った。家に戻ったケビンは、1人で我が家を守ろうと決心し、家中に完全防備を敷いた戦闘プランを作る……。