弱小チームだった雷門中サッカー部は、熱血キャプテン円堂守（声：竹内順子）のおかげでめきめきと実力をつけ、今や強豪校となっていた。中学サッカー日本一を決める大会『フットボールフロンティア』でも並み居る強敵を退け、決勝戦まで勝ち上がった。しかし決勝の場に現れたのは対戦相手ではなく、闇の勢力によって未来から送り込まれた最強戦士軍団『オーガ』だった。平和を好まない彼らの目的は、80年前雷門中が優勝したという事実を変え、歴史を書き換えることだった。雷門中イレブンは現在を守るために、時空を超えた超次元サッカーバトルに挑む。