2001年。1954年のゴジラ出現以来、度重なる甚大な被害を受け続け大阪に遷都した日本。ゴジラ消滅に執念を燃やす“”Gグラスパー”の隊長・辻森桐子は、物理学者・吉沢と秋葉原の天才・工藤らが研究を進めている対G兵器・ブラックホール砲“ディメンション・タイド”の完成を心待ちにしていた。ところが、山梨県白州で極秘裡に行われた実験で時空の歪みが生じ、古代昆虫・メガヌロンの卵が出現。