野心家の銀河帝国軍シャフト科学技術総監は、銀河帝国の最高権力者ラインハルトに前代未聞の大規模なイゼルローン要塞奪還作戦を進言。作戦は採用され、ワルキューレのパイロットから武勲を重ねてきた叩き上げの提督ケンプが作戦司令官に、ラインハルト麾下最年少の提督ミュラーが副司令官に任命される。一方、自由惑星同盟政府は稀代の英雄となったイゼルローン要塞司令官ヤンの影響力を危険視し、査問会への出頭命令を出す。