最終決戦から2年後。地球は平和を取り戻していたが、再び怪獣がしきりに現れるように。また、世界各地で超古代遺跡への侵入事件が相次ぎ、新しい隊長(中村優一)を迎えたエキスパートチームGUTS-SELECTがその一味を確保し調査を進めていたところ、影を継ぐ最悪の巨人イーヴィルトリガーが出現。みんなの笑顔を守るため、マナカ ケンゴ(寺坂頼我)ことウルトラマントリガーや新生GUTS-SELECTの面々が、そしてハルキ(平野宏周)=ウルトラマンゼットやイグニス(細貝圭)=トリガーダークが、宇宙の運命をかけた光と影の大決戦に挑む。