フェニックスの後継組織「ブルーバード」で、平和維持のため日々奮闘する五十嵐大二（日向亘）。一方、同組織で隊長を務める門田ヒロミ（小松準弥）の肉体にも回復の兆しが。それは遺伝子工学の権威・市村博士（高橋良輔）の研究の成果だった。そんななか、“ギフ亡き新時代のガーディアン”を自称する組織「アリコーン」が出現。彼らはある目的のために、少年少女たちを誘拐・監禁していた。ブルーバードによる救出作戦が展開されるが、ヒロミが被害者のひとりである留美（芹沢凜）を連れ去ったと疑いをかけられ、指名手配されてしまう。さらに、真相を追う大二たちの前に、ヒロミと同じ顔を持つ人物ムラマサが現れ……。