ある日、ネット世界からクラモンが溢れ出した。どうやら、3年前に倒した筈のディアボロモンの仕業らしい。光子郎の指示で、クラモン回収にあたる大輔たち。一方、太一やヤマトはネット世界に潜入し、パートナーデジモンのアグモンとガブモンをオメガモンに進化させ、ディアボロモンと対決。後から駆けつけたヒカリたちと協力して、ディアボロモンを倒す。ところが、ディアボロモンは自分が倒された時のことを予め考え、大量のクラモンを現実世界に送り込む罠を仕掛けていた。町に溢れ出した大量のクラモンは都市機能を麻痺させ、東京湾でアーマゲモンに変化。その巨大なパワーに、太一たちは苦戦を強いられてしまう。だが、“選ばれし子供たち“の諦めない心が奇跡を呼んだ。オメガモンの体からホーリーリングが出現し巨大な剣へと変化すると、見事、アーマゲモンを粉砕することに成功したのだ。その後、バラバラになったクラモンは子供たちの携帯電話によって回収され、光の帯となって天へ昇って行くのであった。