ある日の夕方、雷が鳴り響き、突然大雨が降り出した。ワニのゲーナ（声：土田大）は嵐の中をずぶぬれになって動物園から帰り、翌日、熱を出して寝込んでしまう。チェブラーシカ（折笠富美子）が動物園にゲーナが出勤できないことを伝えに行くと、動物園のみんなは困ってしまう。ワニは動物園の人気者なのだ。そこでチェブラーシカは、自分がゲーナの代わりにワニとして働くことを提案する。ライオンのレフ・チャンドルとキリンのアニュータから色々教わり、チェブラーシカはワニとして働く。そのころ、ゲーナはガーリャ（矢作紗友里）に看病されながらベッドで寝ていた。寝込んでいるゲーナの様子を家の外からうかがっていたシャパクリャク（チョー）は、チェブラーシカが動物園でワニとして働いていることを聞き、新しいいたずらを思いつく。