スーパーパワーを持つ“スーパーヒーロー”を育てる空の上の学校、“スカイ・ハイ”に、特殊能力に恵まれた少年少女たちが新入生として入学する。その中には、有名なスーパーヒーロー夫婦、ザ・コマンダー(カート・ラッセル)とジェットストリーム(ケリー・プレストン)のひとり息子、ウィル(マイケル・アンガラノ)もいた。各自のスーパーパワーを披露し、“ヒーロー”組とそれをサポートする役目の“サイドキック”組に振り分けるクラス分けの実技テストが始まる。炎を放つ者、体を自由自在に変化する者、モルモットに変身する者など、各々が自慢のスーパーパワーを披露し、人気者のヒーロー組とオチコボレのサイドキック組に分けられていく中、ウィルは落ち着かない。何故なら、ウィルには未だにスーパーパワーが備わっていなかったのだ。