パリの路上に生きる粗暴な不良娘ニキータ(アンヌ・パリロー)。麻薬中毒の彼女は薬屋を襲撃しようとして3人の警官を射殺してしまう。ニキータは無期懲役刑を言い渡されるが、その生存能力の高さに政府の秘密機関が目をつけ、工作員として働くことを強要される。初めは抵抗したニキータだったが、選択は一つしかないことを知り、教育係のボブ(チェッキー・カリョ)による厳しい訓練に耐え、先輩のアマンド(ジャンヌ・モロー)のアドバイスもあって3年後には美しい女殺し屋に変貌していた。23歳の誕生日に初めて外出を許されたニキータは、ボブに連れていってもらったレストランで拳銃を与えられ、暗殺指令を受ける。無事仕事をこなした彼女は一人前の秘密工作員として認められ、コードネームをもらった。そんな日々の中、ニキータにも初めての恋が芽生えた。