各国が人口比0.1％までの軍隊の縮小や大量殺戮兵器開発禁止に同意し平和がもたらされた一方、水面下では国家間で熾烈な情報戦が繰り広げられていた。日本は他国との情報戦を戦い抜くスパイを特殊機関・チャーチで育成。警察省警備庁特別公安局外事課五係に属する『サクラ』と呼ばれるスパイたちには、過去も国籍もなかった。生きてきた足跡すら残すことが許されない彼らは任務に失敗したとしても、チャーチの卒業試験で組んだ『メサイア』と呼ばれるパートナーを除いては誰からも救いの手を差し伸べられない存在だった……。