大恐慌のただ中にあるロンドン。バンクス家の長男マイケル(ベン・ウィショー)は今では父や祖父が勤めたフィデリティ銀行で臨時の仕事に就き、家庭を持っている。しかしロンドンは大暴落のあおりを受け、余裕を失っていた。妻を亡くし悲しみに暮れるマイケル一家に、追い打ちをかけるように融資の返済期限が切れ、家を失いかねない状況に。そんな折、かつてバンクス家に来た魔法使いのメリー・ポピンズ(エミリー・ブラント)が、20年前と変わらぬ姿で空から舞い降りてくる。バスタブの底を抜けて海底探検に向かったり、絵画の世界に飛び込み華麗なミュージカル・ショーを繰り広げたりと、一風変わった方法でバンクス家の子供たちのしつけをするメリー・ポピンズ。彼女の魔法は日常をカラフルに変えていく。