近未来。地球は謎の侵略者からの攻撃を受け、そのあまりの戦闘力の高さに人類はなすすべもなかった。ウィリアム・ケイジ少佐(トム・クルーズ)は決死の任務にあたるが、敵にダメージを負わせることなく戦死。しかし気付くと時は出撃前に戻っていた。少佐はタイムループに巻き込まれていた。幾度となく出撃と戦闘、死を繰り返すうちに、特殊部隊の軍人リタ・ヴラタスキ(エミリー・ブラント)が彼と同様にタイムループに巻き込まれていることを知る。戦いを繰り返しながら少佐は戦闘技術を磨いていき、二人はこのタイムループから抜け出す糸口を探る……。