正体不明の超大物暗殺者ジャッカル(ブルース・ウィリス)は、チェチェン・マフィアの首領テレク(デイヴィッド・ハイマン)から彼の弟を殺した米国の情報機関の要人暗殺を依頼される。ジャッカルにとっても相手が巨大なだけに最後の仕事となるため、報酬は7千万ドル。この情報をつかんだ、テレクの組織壊滅を図るFBI副長官プレストン(シドニー・ポワチエ)とMVD[ロシア情報局]のコスロヴァ少佐(ダイアン・ヴェノーラ)以下のチームはジャッカルの足取りを追うが、相手は神出鬼没。チームは彼の行動を予測し、狩り出せる数少ない人間として、元IRA幹部で超一流のテロリスト、デクラン・マルクィーン(リチャード・ギア)を起用。彼は仮釈放とジャッカルの素顔を知る元バスク祖国と自由の闘士イザベラ・ザンコーナ(マチルダ・メイ)を協力者にすることを条件に捜査に加わる。