人類とKAIJUの死闘から10年が経ち、地球には平穏が戻っていた。しかし、進化を遂げたKAIJUが再び現れ、世界を絶望の淵へと突き落す。若きパイロットたちは、よりスタイリッシュに洗練され、パワーアップを果たした新世代の人型巨大兵器“イェーガー”に乗り込み、KAIJUに戦いを挑む。