誰もが変わらない毎日を過ごす平凡な田舎町サマセット。春の大雨が降った夜、農家を営むエラブル家に11匹の子ブタが生まれた。ところが母ブタの乳は10個しかなく、最後に生まれた小さな子は母の胸に抱かれることすらできない。エラブル家の娘のファーン(ダコタ・ファニング)はその1匹をウィルバー(声:ドミニク・スコット・ケイ)と名付け、まるで母親のように育て始める。やがてウィルバーは、様々な動物が住む向かいのザッカーマン農場に預けられることになった。夜、どこからかウィルバーに話しかける声が聞こえてきた。声の主はクモのシャーロット(声:ジュリア・ロバーツ)だった。ウィルバーと彼女は大の仲良しになる。しかし、春に生まれた子ブタは、クリスマスのハムになる宿命にあった。怯えるウィルバーに、シャーロットが守ってあげると約束する。