近未来。昆虫型異星生命体フォーミックの襲撃により地球は大打撃を受けた。フォーミックからの再襲を食い止めるために、国際艦隊は世界中から天才児を集めて司令官育成教育をするバトル・スクールを設けた。訓練長官のグラッフ大佐(ハリソン・フォード)は、アンドルー・“エンダー”・ウィッギン(エイサ・バターフィールド)という少年に注目する。人口調整が行われ2人までしか子どもを設けられない中、特別な許可を受けウィッギン家の3番目の子として生まれた彼は、その特別さのために孤独な境遇にあった。いじめてくる者を徹底的に痛めつけ二度とそんな気を起させないようにするエンダーを見て、グラッフ大佐は彼をバトル・スクールへと導く。