大英帝国の海洋拠点ポートロイヤルに“東インド貿易会社”の使者ベケットが現れ、海賊ジャック・スパロウ(ジョニー・デップ)に協力した罪でエリザベス(キーラ・ナイトレイ)とウィル・ターナー(オーランド・ブルーム)を投獄した。ジャックの持つ「持ち主が欲する物」の在処を指し示す“羅針盤”を欲していたベケットは、ウィルに取引を持ちかける。ジャックからその羅針盤を奪って来れば二人を解放するというのだ。取引に応じたウィルはジャックを探しに大西洋に船出した…。