スーパーマン（ヘンリー・カヴィル）が、メトロポリスでゾッド将軍と死闘を繰り広げてから2年。当時、現場に居合わせた実業家ブルース・ウェイン（ベン・アフレック）は、人知を超えた戦いで出た被害により、友人や部下を失っていた。ゴッサム・シティでバットマンとして悪と戦い続けるブルースにとって、これは見過ごすことのできない事件だった。一方、スーパーマンは、それからも世界各地で人々を救い続けていた。新聞社デイリー・プラネットの記者、クラーク・ケントとして過ごす日常では、その正体を知る同僚の女性記者ロイス・レイン（エイミー・アダムス）との仲もさらに深まっていた…。