1607年、ロンドン。勇敢な軍人ジョン・スミス(以下、声優:メル・ギブソン)は、ラドクリフ総督(デイヴィッド・オグデン・スティアーズ)率いる探検隊に参加。一行を乗せた帆船は、北米大陸のヴァージニア植民地を目指す。そこでは先住民族のパウアタン族が、自然と共存して平和に暮らしていた。パウアタン首長(ラッセル・ミーンズ)の一人娘ポカホンタス(アイリーン・ベダード)は、このところ、不思議な夢ばかり見ていた。精霊グランドマザー・ウィロー(リンダ・ハント)に助言を求めると、「その夢は、自分の進む道は自分で見つけろということさ」と言われる。上陸したスミスはポカホンタスと出会い、たちまち恋に落ちる。