「はたらく細胞！！」最強の敵、再び。体の中は“腸”大騒ぎ！

人間の体の中では、たくさんの細胞たちがはたらいている。ある時、白血球（好中球）（声：前野智昭）と赤血球（声：花澤香菜）は迷子の乳酸菌を保護した一般細胞（声：小林裕介）と出会った。乳酸菌を仲間のもとに送り届けるため、白血球（好中球）と一般細胞は腸へ向かったところ、再びがん細胞（声：石田彰）が現れ、悪玉菌により腸内環境が荒らされてしまう。体内がかつてない危機に陥る中、白血球（好中球）たちは大血戦に挑む。