どうしてもやりたい仕事をほかの機関車に取られたくなかったトーマスは、ソドー島からメインランドへ出発。初めて目にする景色にワクワクするトーマスだったが、迷い込んでしまった森の中で、これまで見たことのない実験用機関車のレキシー、セオ、マーリンと出会う。彼らと友達になったトーマスが旅を続けていると、とある製鉄所にたどり着く。そこで働くディーゼル機関車のフランキーと蒸気機関車のハリケーンは、最初は親切そうに振る舞っていたが、次第に態度を豹変させていく。トーマスを製鋼所で働かせ続け、帰ろうとするトーマスの行く手を阻むフランキーとハリケーン。困り果てたトーマスだったが、彼らが寝ているうちになんとか脱出に成功する。一方その頃、戻ってこないトーマスを心配したソドー島の仲間たちを代表して、ジェームスがメインランドへトーマスを探しに旅立つ。製鉄所に着いたものの、今度はジェームスがそこで働かされてしまうことに。それを知ったトーマスは、実験用機関車たちに協力してもらいジェームス救出に向かうのだが……。