数千年後の未来、宇宙空間に進出した人類は、専制政治の銀河帝国と民主主義を採る自由惑星同盟という異なる政治体制を持つ二国に分かれ、際限なく広がる銀河を舞台に150年に及び絶えることなく戦闘を繰り返してきた。銀河帝国は門閥貴族社会による腐敗が、自由惑星同盟では民主主義の弊害とも言える衆愚政治が国を蝕んでいった。宇宙暦8世紀末、帝国軍を率いる常勝の天才ラインハルト・フォン・ローエングラム（声：宮野真守）と、同盟軍を率いる不敗の魔術師ヤン・ウェンリー（声：鈴村健一）という二人の天才が現れ、二人は幾度となく激突する。銀河帝国では最高権力者となったラインハルトの善政による改革が国民からも支持される一方、自由惑星同盟ではヤンらの活躍も空しく、政府の腐敗による国力低下が顕著であった。第三の勢力フェザーンの自治領主ルビンスキー（声：手塚秀彰）は自由惑星同盟を見限り、大きな陰謀をめぐらせる。門閥貴族派の残党ランズベルク伯とシューマッハはわずか7歳のゴールデンバウム朝銀河帝国第37代皇帝エルウィン・ヨーゼフ二世を誘拐し、一行はフェザーンで同志と合流し自由惑星同盟へ亡命。自由惑星同盟政府の支援を受け、銀河帝国正統政府の樹立を宣言した。事前に誘拐計画を掴みながらもあえて泳がせていたラインハルトは、計画通り、皇帝救出を大義名分に自由惑星同盟への進攻を宣言する。