4月、今世紀最大の皆既日食で街はお祭りムードに包まれていた。新月が太陽を覆い隠し、次第に薄暗くなっていくなか、うさぎ（声：三石琴乃）とちびうさ（福圓美里）は、自分たちに助けを求めるペガサス・エリオス（松岡禎丞）と出会う。エリオスは、ゴールデンクリスタルの封印を解く、選ばれたる“乙女”を探していた。ある日、エリオスはちびうさの夢に現れ、「力を貸してほしい」と告げる。そのころ、デッド・ムーンサーカスと名乗る謎のサーカス団が街に現れる。彼らは悪夢の化身レムレスをばらまき、“幻の銀水晶”を手に入れて、月と地球を支配し、やがて宇宙までも支配しようと目論んでいた。ちびうさは、自分を“乙女”と呼び、必要としてくれるエリオスに淡い恋心を抱く。一方、衛（野島健児）は自分がうさぎの足手まといなのではと苦悩し、うさぎは自分のせいで衛を危険な目にばかり合わせてしまうと思い悩んでいた。そして戦いのなか、次第に夢と使命が露わになっていく……。