先天性の疾患を持つ幼い息子・継夢の為、退官を決意した航空自衛隊Ｆ15Jイーグルのパイロット・真木舜一。ラストフライトで謎の赤い発光体と衝突しながら奇跡の生還を果たした彼は、防衛庁の対バイオテロ特務機関・BCSTの科学担当官・水原沙羅らによって身柄を拘束されてしまう。実は数カ月前、海上自衛隊の有働貴文が青い発光体と遭遇、凶悪怪獣”ザ・ワン“に姿を変え行方をくらましていた。