約20年前、宇宙に向けて人類が発信したメッセージに返事が帰ってきた。遠い宇宙の彼方の知的生命体は、遺伝子の基であるDNAの不思議な配列を返信していた。フィッチ(ベン・キングスレイ)率いる科学者グループは秘密研究所で、謎のDNAと人類のDNAを結合させる極秘実験を行う。DNAを注入された卵子はわずか数週間で女性の胎児、そして赤ん坊から少女へと成長を遂げた。科学者たちは彼女をシルと命名するが、やがて彼女の危険性を見抜き、抹殺しようとする。研究所から逃げ出したシル(ミシェル・ウィリアムズ)を捜し出すため、フィッチは各分野から選ばれた特殊チームを編成した。