100年前の日本。生命そのものであり、時に人間にとりつき、不可解な自然現象を引き起こす「蟲」と呼ばれる生き物がいた。蟲の命の源をさぐりながら、謎を紐解き、人々を癒す能力を持つ者は”蟲師”と呼ばれた。蟲師のギンコ(オダギリ ジョー)は旅の途中で虹蛇を探す虹郎(大森南朋)と知り合い、淡幽(蒼井優)のいる狩房家に向かう。蟲に取り憑かれた家に生まれた淡幽は、蟲に身体を侵食されながらも、文字でその力を封じている。しかしギンコが屋敷を訪れたとき、淡幽は墨色のあざによって苦しんでいた。