海の底の大都会リーフシティ。大きな野望を抱く小さな魚のオスカー(声=ウィル・スミス)は、お調子者でトラブル続き。彼に好意を寄せるアンジー(声=レニー・ゼルウィガー)はいつもハラハラしている。一方、ベジタリアンの優しい鮫レニー(声=ジャック・ブラック)は、大ボスの父ドン・リノ(声=ロバート・デ・ニーロ)や兄のフランキー(声=マイケル・インペリオリ)にいつもハッパをかけられている。ある日オスカーは、レニーと一緒にいたフランキーに狙われるが、フランキーは大きなイカリに刺さって死亡。その次第を見たクラゲのアーニー(声=ジギー・マーリー)とバーニー(声=ダグ・E・ダグ)は、オスカーが殺したものと勘違い。その機に乗じてオスカーは”シャーク・キラーのオスカー“と名乗り始め、一躍ヒーローになる。