1792年、スペインのマドリード。国王カルロス4世の宮廷画家フランシスコ・デ・ゴヤ(ステラン・スカルスガルド)は、2枚の肖像画を描いていた。1枚は、ゴヤの友人で裕福な商人トマス・ビルバトゥア(ホセ・ルイス・ゴメス)の娘イネス(ナタリー・ポートマン)で、もう1枚はロレンソ神父(ハビエル・バルデム)だった。ロレンソはゴヤのアトリエでイネスの絵を見て、彼女の天使のような美しさに心を引かれる。ロレンソの提案で、異教徒や無神論者を罰するカトリック教会の異端審問が強化される。すると、居酒屋で豚肉を嫌がったイネスがユダヤ教徒と疑われ、審問所から出頭要請を受ける。