様々な苦難を乗り越え、めでたく結ばれたシュレックとフィオナ姫。2人がハネムーンから戻った時、“遠い遠い国”に住むフィオナ姫の両親ハロルド国王とリリアン王妃から“結婚を祝う舞踏会”の招待状が届けられる。シュレックとフィオナ姫は、ドンキーも連れて現地へ赴くことに。しかし、彼らが到着すると、ハンサムな王子の登場を期待して歓迎ムード一色だった全国民は。シュレックの容姿を見て愕然、国中に動揺が走るのだった。