心優しいゴーゴナイトと、コマンドー・エリートという対立するふたつのグループに設定されたフィギュア、スモール・ソルジャーズが売り出されたが、軍事用のマイクロチップが組み込まれていたためフィギュア同志が勝手に戦いを始めてしまう。オモチャ屋の息子アラン(グレゴリー・スミス)は、間一髪でゴーゴナイトを助けたため、コマンドー・エリートはアランをはじめとする人間を敵と見なし、アランが憧れるクリスティ(キルスティン・ダンスト)を人質にする。アランはゴーゴナイトたちと協力し合い、コマンドー・エリートを倒す戦いを繰り広げる。