16世紀末、野望と陰謀、近親相姦が渦巻くフランス宮廷。国王シャルル9世(ジャン・ユーグ・アングラード)がいるヴァロワ家の旧教徒であるカトリック側とブルボン家の新教徒プロテスタント側の内乱が起こっていた。国王シャルルは病弱で、母親であるカトリーヌ=デ=メディシス(ヴィルナ・リージ)に実権を握られていた。彼女には三人の息子の他に美しい娘マルゴ(イザベル・アジャーニ)がいた。マルゴは美貌と知性、気品を備えていて兄弟や気に入った男たちを次々に誘惑していたが母の画策で新教徒勢力の指導者的存在であるナバール公アンリ(ダニエル・オートゥイユ)と結婚することになった。