ボードレール家の3姉弟妹、ヴァイオレット、クラウス、サニーは、ある日突然両親を亡くし、遠い親戚オラフ伯爵に引き取られる。伯爵はボードレール家の膨大な遺産を横取りすべく、大胆な計画を仕掛けてくる。ボードレール3姉弟妹は、次々と降りかかる不幸な出来事にも負けず、両親が遺した謎を解き明かそうとするが…。