シーズン1の約半世紀前に始まった<第1次サイロン戦争>開戦から10年。 アカデミーを卒業したての、若く優秀だが自信過剰なパイロットであるウィリアム・アダマ少尉は、着任のため最新鋭の戦艦ギャラクティカに乗艦した。戦闘機ヴァイパーの操縦を希望していたアダマだったが、その性格を懸念され、輸送機ラプターを割り当てられてしまう。アダマ少尉は、ある指令を受ける。それは、戦局を揺るがす極秘ミッションだった――。