時を超えて集まれ!時空最強イレブン!! 本当のサッカーを取り戻すため、天馬たち雷門イレブンはサッカー管理組織「フィフスセクター」の妨害や困難な壁を乗り越え、ホーリーロード全国大会で優勝を果たした。 フィフスセクターが解散されたいま“管理されたサッカー"は終わりを告げ、サッカーを愛する子供たちが自由にプレイできる世界となった。 しかし、それから3ヶ月――。天馬の前に「アルファ」と名乗る謎の少年が現れ、「お前からサッカーを消去する」と告げる。 そして天馬はアルファにより異次元の空間に連れ去られる。その先で、天馬は驚きの光景を目撃する・・・ アルファはなぜサッカーの存在を消去しようとするのか!?多くの謎が交錯する中、サッカーを守るため時空を超えた天馬の戦いがはじまる――!