シーズン2ではエピソードが進むにつれて各部署の緊張が高まっていき、ロシナンテ号の乗組員はこれまで以上に追い詰められる。プロト分子が太陽系すべての安全を脅かすが、その放出につながるより大きな陰謀が明るみに出始める。