1952年から1969年まで米国内で謎の飛行物体や光が次々と目撃され、空軍と政府は極秘裏に目撃情報の捜査を開始。冷戦が深刻化し新たな政治的脅威が迫る中、ハイネック博士とクイン大尉はUFOの陰謀の真実を突き止めるべく、ロズウェル事件やエリア51などの新たなUFO事件の独自調査に乗り出す！