高校3年生の未羽(黒島結菜)は放課後、幼なじみの吾朗(竹内涼真)と共に理科室の掃除をしていた。吾朗がゴミを捨てに行って一人になった未羽は、準備室で何かが割れる音を聞く。準備室を覗いた未羽は、割れた試験管から漂う甘い香りをかぎ、そのまま気絶してしまう。保健室で目を覚ました未羽は、心配する吾朗たちに一部始終を話す。しかし、倒れた未羽を最初に見つけたもう一人の幼なじみの翔平(菊池風磨)は、未羽のそばには試験管など落ちていなかったと言う。その日の帰り道、マンションの下を通った未羽の頭に向かって、上から鉢植えが落ちてくる。直撃を覚悟する未羽だったが、気が付くと、マンションの少し手前に立っていた。そして、未羽の目の前で落下して割れる鉢植え…。未羽は、自分がタイムリープ能力を手に入れて時を戻ったのではないかと大騒ぎ。そこに居合わせた翔平は興奮する未羽に、このことは誰にも話さない方がいいと口止めする。なぜなら翔平の正体は、未羽の幼なじみではなく未来からやってきた科学者ケン・ソゴルだったのだ。しかし、翔平の忠告を無視して未羽はタイムリープの力を使ってやりたい放題…。そして七夕祭り当日、とうとう大きな事件に発展してしまう! ? この情報は[時をかける少女]に基づき記載しています。