ゴジラ×モスラ×メカゴジラ/東京SOS

一年前のゴジラとの戦いで、右腕と最大の武器“アブソリュート・ゼロ”を失った機龍（メカゴジラ）の修復に携わる整備士・中條義人と、彼の叔父で、43年前、言語学者として小美人をモスラに返す為に尽力した信一の元に、ある日、インファント島に住む妖精・小美人が現れ、機龍製造に使用したゴジラの骨を海に返せば、モスラはゴジラの脅威に対して全力で立ち向かう用意があることを告げた。以来、義人は機龍の修復作業を続けながらも小美人の言葉が頭から離れなくなる。そんな中、再びゴジラが東京へ上陸した。