劇場版 とある魔術の禁書目録(インデックス) エンデュミオンの奇蹟

学園都市製宇宙エレベータ『エンデュミオン』の完成を控えたある日、上条当麻（声：阿部敦）とインデックス（井口裕香）は、無能力者（レベル0）の少女・鳴護アリサ（三澤紗千香）と出会う。路上ライブで歌っていたアリサと意気投合し、楽しい放課後を過ごしていると、エンデュミオン開通キャンペーンのイメージソングにアリサの曲が大抜擢された知らせが届く。幸せもつかの間、ステイル（谷山紀章）が魔術師を引き連れて、科学サイドの人間であるアリサに襲いかかってくる。魔術サイドの強襲を受け、学園都市側は女リーダー・シャットアウラ（日笠陽子）率いる秩序維持部隊『黒鴉部隊』で対抗する。上条とインデックス、アリサを取り巻く状況が混迷を極める中、ステイルはアリサを指し、魔術サイドと科学サイドの間で戦争を引き起こしかねないと告げる。魔術サイド、科学サイドから狙われるアリサの秘密とは……？