닌자 거북이 3 : 어메이징 뮤턴트

거북이들을 위해 여행선물로 골동품을 사온 에이프릴, 그 중에서 용도를 알 수 없는 물건이 있어 만지던 중 에이프릴이 사라진다. 대신 나타난 것은 켄신이라는 일본 막부시대의 영주 아들로 자신이 일본에서 온 것이라고 말해준다. 막부시대 일본으로 간 에이프릴은 마녀로 몰려 투옥된다. 거북이들은 에이프릴를 구하기 위하여 과거로 향하고, 그곳에 도착하자마자 라파엘과 나머지 셋은 갈라져 에이프릴을 찾기는 커녕 자신들마저 뿔뿔이 흩어지는데...