며칠째 돌아오지 않는 야옹 선생이 걱정되어 직접 찾으러 나선 나츠메. 그러던 중, 우연히 숲에서 이시오코시라는 존재와 만난 나츠메는 그를 노리는 수많은 방해세력에 맞서 함께 싸워주기로 한다.