인류의 유전자 기술은 발전을 거듭하게 되고, 그 결과 인간은 진보된 새로운 변종의 돌연변이들을 만들어 인간의 생활을 윤택하게 만들고자 한다. 유전자 변이를 통해 창조되어 인간보다 더욱 진보된 지능과 운동신경 및 감각을 지니게 된 X-MEN들은 인류를 보호하기 위해 보이지 않은 곳에서 노력하고 있지만 정작 X-MEN의 초능력을 두려워 한 인간들은 그들을 경계하며 적대시 한다. 이들 X-MEN들은 텔레파시가 가능하거나 바람을 일으키는 등 강력하고 특수한 능력을 갖고 있는데, 찰스 사비에 박사는 이들의 초능력을 인류를 위한 길에 사용하고자 그들은 훈련시킨다. 그러나 매그니토를 위시하는 사악한 X-MEN 그룹을 인간을 지배하고자 하는 음모를 꾸미게 된다. 이에 찰스 사비에 박사가 이끄는 X-MEN들은 이를 저지하고자 이들과 맞서 싸우게 되는데...