공화국으로부터 분리하려는 수백개의 행성연합은 은하계의 거대하고 새로운 위험으로 등장한다. 생명의 위협을 느끼는 아미달라 여왕의 신변 보호를 위해 아나킨과 오비완에게 경호 임무가 부여여된다. 공화국 수상 팰퍼틴의 야욕은 어마어마한 클론 군대를 비밀리에 양성하고, 오비완 캐노비는 암살 의혹을 파헤치던 임무 중에 클론의 존재를 감지한다. 분리주의 세력과 공화국과의 걷잡을 수 없는 갈등은 마침내 거대한 전쟁을 불러오게 된다. 아나킨은 최고의 제다이 기사가 되고 싶은 욕망과 스승인 오비완과의 우정과 갈등, 여왕과의 사랑으로 갈등하는데...
